Công việc của giống ngựa Phú Yên có thể dùng vào các loại hình như:

Ngựa cưỡi

Thời nhà Nguyễn ngựa Phú Yên được đưa về kinh đô sung vào chuồng ngựa ngự dụng. Các ông vua thường thích ngựa sắc trắng. Các con ngựa thuần để cỡi cũng khá nhiều, nhiều thân hào khá giả nào cũng đều có ngựa cỡi riêng. Ngựa cưỡi của phổ biến ở những thân hào, chức sắc, nhà giàu ở nông thôn nuôi ngựa cưỡi. Nó là phương tiện đi lại cũng như chiếc xe đạp thông dụng từ 1955. Những người phu trạm chuyển công văn, những người lính lệ đi việc công cũng dùng ngựa. Công văn khẩn ngoài phong bì đóng dấu 2 chữ "mã thượng". Ở cấp huyện còn có những con ngựa công cộng, Tri Phủ, Tri Huyện dùng khi "hành hạt" hay các ông Lại mục, Thừa phái xuống làng xã. Thời kỳ chống Pháp ngựa cũng rất đắc dụng. Ở vùng núi và cao nguyên cán bộ đi công tác bằng ngựa.

Ngựa thồ

Một con ngựa khỏe có thể chở trên lưng 100kg. Giàm ngựa chở thắt bằng dây tra loại lớn hơn giàm ngựa cỡi, không dùng róc rách mà dùng hai đoạn cây gỗ dài độ tấc rưỡi, bằng ngón tay cái, gọi là róng. Nơi cổ có mang chiếc chuông nhỏ, khi ngựa đi, ngẩng lên, cúi xuống, lắc đầu phát ra tiếng leng keng leng keng. Ngựa chở dùng kiều mộc, bằng gỗ, thắng đái, hậu thu và choàng hầu (choàng từ kiều qua phía trước ức ngựa còn ngựa cỡi không cần) đều đan bằng sợi mây chẻ nhỏ vót mỏng.

Trên kiều mộc còn có cái ngàm. Khi không chở hàng thì bỏ ngàm ra và lót bao bố lên đây ngồi. Ngựa thồ vẫn còn khá nhiều và thường được sử dụng để chuyên chở thuốc lá, cau dừa cho các lái buôn Trung Quốc trong nội địa Việt Nam hoặc để chở muối lên vùng cao. Trên đường nông thôn hay trên quốc lộ những đoàn dài ngựa thồ hàng chất cao đến oằn lưng, dây cương lằng nhằng và theo sau là nhiều chú ngựa non không được chăm sóc cẩn thận.

Ngựa kéo

Trong vùng đồng bằng dùng xe một ngựa kéo. Gọi thẳng là xe ngựa chứ không gọi là xe thổ mộ. Thường thường một con ngựa kéo được 800kg, không kể trọng lượng chiếc xe. Hai bên mắt ngựa kéo xe có 2 lá vả che cho nó không nhìn thấy hai bên. Không có xe song mã, tứ mã, nhưng trèo lên xe ngựa cũng phải là hạng có tiền. Ngựa kéo xe trung bình mỗi ngày chạy hai chuyến khứ hồi trên lộ trình chừng 15 cây số, như Phú Lâm–Bàn Thạch, Phú Lâm–Phú Thứ, Tuy Hòa–Hòa Đa, La Hai–Chí Thạnh. Một số nơi tại Tuy Hòa, Tuy An có địa danh Bến Xe Ngựa.